Det är svårt att inte fatta tycke för Kazuma Kiryu. Yakuza-seriens huvudperson lyckas framstå som god och rättvis samtidigt som han har varit en av de högst uppsatta inom den japanska maffian. Bara det faktum att denna protagonist lämnat yakuzan bakom sig för att driva ett fridfullt barnhem talar för hur godhjärtad han egentligen är, även om han har lite väl lätt att hamna i bråk och kriminella verksamheter emellanåt.
Efter att ha avtjänat ett tre år långt fängelsestraff beger sig Kiryu hem för att träffa sin 19-åriga adoptivdotter Haruka, som tyvärr visar sig ha försvunnit spårlöst under tiden han spenderat bakom galler. Efter lite detektivarbete i Tokyo får vi snart den hemska nyheten att hon blivit påkörd av en bil och hamnat i koma, med den underliga detaljen att hon hittades med en liten bebis i famnen vid olycksplatsen – har Kiryu blivit morfar utan att veta om det?