Kalla kriget är på gränsen till att bryta ut till ett fullskaligt kärnvapenkrig, och organisationen C.O.U.N.T.E.R. är världens enda hopp för att undvika det. De två supermakterna The Imperialist States och The Socialist Republic kapprustar och hotar av någon anledning med att avfyra sina kärnvapenmissiler mot månen.
Att förstöra månen känns dock som en ganska ogenomtänkt idé, men det är lite av den humorn som kryddar Counterspy. Stämningen i spelet dryper av inspiration från gamla spionserier som Mannen från UNCLE men har också lite av lättsamheten från No One Lives Forever eller Austin Powers, även om det inte är lika mycket åt parodihållet.